История его началась в 1967 г. Создан заповедник был для сохранения и изучения природных комплексов северного макросклона Центрального Кавказа. Находится в Алагирском районе на юге Республики Северная Осетия—Алания. Здесь  расположена вторая по величине в Северной Осетии карстовая пещера — Шуби-Ныхасская. Залы и коридоры пещеры покрыты причудливыми натеками, сталактитами и сталагмитами. В ней обитают летучие мыши. В заповеднике разработаны интересные маршруты продолжительностью от трех до десяти дней, пройде по которым туристы могут увидеть Сказский и Цейский ледники, церковь 12 века, понаблюдать за жизнью диких зверей.